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预测羟基芫花素肝毒性风险

返回列表 来源:未知 发布日期:2019-10-15 13:29【

芫花( Genkwa Flos ) 为瑞香科植物芫花( Daphnegenkwa Sieb. et Zucc. ) 的干燥花蕾。其功能为逐水 涤痰,主要用于治疗胸胁停饮、肿胀腹水、喘咳引 痛等疾病。研究表明,芫花具有镇咳、祛 痰、 抗肿瘤和免疫调节等药理作用。由于其明确的抗 肿瘤活性,临床长期应用所导致的不良反应屡次 出现,其中肝损伤所占比例最为严重,目前已 引起关注。

1 药品与试剂

人肝微粒体( HLM,美国 BD Gentest 公司) ; 磷 酸钾( 纯度≥98% ) 、氯化镁( 纯度≥98% ) 、抗坏血 酸( 纯度≥98% ) 、三羟甲基氨基甲烷( Tris,纯度≥ 98% ,百灵威科技公司) ; 葡萄糖二酸单内酯( 纯度 ≥98% ) 、丙甲菌素( 纯度≥98% ) 、尿苷二磷酸葡萄 糖醛酸( UDPGA,纯度≥98% ) 、二甲基亚砜( DMSO, 纯度≥98% ,Sigma Aldrich 公司) ; 胆红素( 批 号: 100077-201206,含量: 99. 3% ) 、羟基芫花素( 含量 > 98% ,成都瑞芬思生物科技有限公司) ; 甲酸、盐酸( 北京化学试剂厂,分析纯) ; 乙腈、甲醇( Fisher 公 司,色谱纯) 。

2 仪器

AcquityTM Ultra Performance LC 超高效液相色谱 仪( 美国 Waters 公司) ; AE240 电子天平( 瑞士梅特勒-托利多公司) ; SDC 6 节能职能恒温槽( 宁波新芝生物科技股份有限公司) ; 17R 高速低温离心机 ( 美国 Thermo 公司) 。

3 同源模建

UGT1A1 是由 534 个氨基酸残基组成的Ⅱ相代 谢酶,由于目前尚未确定 UGT1A1 的 N-末端结构 域,因此采用 Discovery Studio 2. 5 BLAST Search 模 块进行序列比对,通过分析其同源性和相似性的高 低,选择相似性较高的 4 种蛋白作为模板蛋白进行 同源模建。采用 Modeller 9. 13 程序,基于逐级能量 最小化方法,约束所有重原子后,依次优化氢原子, 优化侧链及 Loop 区。能量最小化过程采用最陡下 降法和共轭梯度法进行优化。最后基于拉氏图和 Profile-3D 分析对同源模建蛋白进行评价,最终构建 出 UGT1A1 酶蛋白结构。

4 分子对接实验

利用 Discovery Studio 2. 5 的 From Receptor Cavities 模块对蛋白空腔进行自动识别,并利用活性值 与打分值的相关性系数对活性口袋进行评价,分析 待测单体羟基芫花素与 UGT1A1 酶蛋白的作用方 式,同时计算二者复合物结合自由能,用以判断亲和 作用强弱。

5 人肝微粒体体外抑制实验

5. 1 色谱条件

Acquity UPLC HSS C18柱( 100 mm × 2. 1 mm,1. 8 μm) ; 预柱: Acquity UPLC HSS C18 VanGuard Pre-column( 5 mm × 2. 1 mm,1. 8 μm) ; 流 动相: 乙腈( A) -0. 1% 甲酸水溶液( B) ,梯度洗脱 ( 0 ~ 2. 1 min,40% A→75% A; 2. 1 ~ 4. 2 min,75% A→95% A; 4. 2 ~ 8. 0 min,95% A; 8. 0 ~ 8. 5 min, 95% A→40% A; 8. 5 ~ 12. 5 min,40% A) ; 流速: 0. 4 mL·min - 1 ; 柱温: 35 ℃ ; 检测波长: 450 nm; 进样量: 10 μL。

5. 2 UDPGA-发生系统的制备

精密称取氯化 镁、葡糖二酸单内酯、丙 甲 菌 素、UDPGA 适 量,用 Tris-HCl 缓冲液( 称取 Tris 121. 1 g,加入去离子水 800 mL,加浓盐酸调 pH 至 7. 4,以去离子水定容至 1 000 mL) 使溶解,使含氯化镁 5 mmol·L - 1,葡糖二 酸单内酯 5 mmol·L - 1,丙甲菌素 25 μg·mL - 1,UDP-GA 5 mmol·L - 1,即得 UDPGA-发生系统。

5. 3 溶液的制备

采用已建立的人肝微粒体孵育 体系( HLM) ,测定羟基芫花素对 UGT1A1 酶 的抑制作用,以表观抑制常 数( Ki ) 为评 价 指 标。 取蛋白为 0. 5 mg·L - 1的 HLM 30 μL 放至室温,复 融后,加入系列浓度的底物胆红素对照品溶液 ( 0. 52 ~ 2. 37 μmol·L - 1 ) 及待测单体羟基芫花素对 照品溶液( 0. 38 ~ 12. 41 μmol·L - 1 ) ,置 37 ℃ 恒温水 浴预孵育 3 min 后加入新鲜配制的 UDPGA-发生系 统溶液 68 μL 启动反应。反应 10 min 后立即加入 600 μL 冰乙腈-甲醇( 2 ∶ 1,含抗坏血酸浓度为 200 μmol·L - 1 ) 终止反应,沉淀蛋白,涡旋 1 min,于 13 000 r·min - 1 ( r = 5 cm) 离心 25 min,取上清液即刻进 行测定[体系终体积为200 μL,DMSO 总用量不超过 1% ( v / v) ]。

6 结果

利用 Discovery Studio 2. 5 的 From Receptor Cavities 模块对 UGT1A1 蛋白空腔进行自动识别,共获 得 9 个口袋( A ~ I 活性口袋) ,坐标及半径如表 1 所示。

将单体羟基芫花素( 结构见图 1) 与 UGT1A1 酶 蛋白进行对接,选择能够接纳化合物且相关系数相 反数最大的口袋作为活性口袋。对接结果显示,芫 花素在 site F 的打分值为86. 374 5,高于其他活性位点的打分值,因此羟基芫花素的结合口袋确定为 site F。

7 结论

研究首先通过分子对接技术构建 UGT1A1 酶蛋 白结构,将待测单体羟基芫花素与 UGT1A1 酶蛋白 对接,明确二者结合靶点以及结合强弱,初步推测羟 基芫花素与 UGT1A1 酶的结合位点为活性区 F,与 其底物胆红素活性位点重合,但对接结果显示羟基 芫花素与 UGT1A1 酶亲和性较弱,因此提示羟基芫 花素对 UGT1A1 酶活性影响较小,潜在肝毒性风险 小。另一方面,体外人肝微粒体实验结果显示,羟基 芫花素对人源 UGT1A1 酶具有弱抑制作用,抑制类 型为竞争型抑制,与计算机分子对接结果相一致。